平成19年2月、第74回日本医学会定例評議員会において、従来の日本医学会分科会の9部会の構成を、基礎・社会・臨床部会の3つの部会に再編した。したがって本会議は平成19年度に新設された臨床系の分科会によって構成する会議である。
日本医学会臨床部会会議の目的は、日本医学会が臨床的な課題に関して、関連する学会の意見を統一し表明することにある。しかし、臨床系の各学会が一堂に会することは機動性に欠くことから、臨床部会会議の下部に運営委員会を設け、運営委員会において、臨床系医学会に共通の課題を検討し、必要に応じて臨床部会会議に懸けることとした。そのように各日本医学会臨床系分科会が抱える重要な問題を、日本医学会として検討することによって、日本医学会と各臨床系分科会との関連を一層深めることを目指している。
